Gamtosauginių mokyklų programa orientuoja mokyklas
į praktinę gamtosauginę veiklą, skatina mokyklų bendruomenių aktyvumą, ugdo
mokinių kūrybiškumą. Remiantis įvairiais darnaus vystymosi aspektais ir kuriant
ryšius su bendruomenėmis, Gamtosauginės mokyklos yra ideali programa, įgyvendinanti
Vietos Darbotvarkę 21 mokykloje. Programos Gamtosauginės mokyklos nauda
aplinkosauginių žinių augimas, vietinės bendruomenės įtraukimas, vandens bei
energijos vartojimo mažinimas, tarptautinių ryšių užmezgimas ir t.t. Programos
dalyviai, įvykdę Aplinkosauginio švietimo fondo keliamus reikalavimus
apdovanojami Žaliąja vėliava. Šis apdovanojimas, kaip ir kiti FEE
apdovanojimai, suteikiamas vieneriems metams. Mokykla norinti dalyvauti Gamtosauginiu mokyklu
programoje privalo pateikti Lietuvos žaliųjų judėjimui prašymą dėl dalyvavimo
programoje. Prašymo pateikimas dar negarantuoja mokyklai teisės dalyvauti
Gamtosauginiu mokyklu programoje. Tik gavusi oficialų patvirtinimo raštą
iš LŽJ, mokykla tampa Gamtosauginių mokyklų programos dalyve.